خلاصه فیلم

بلافاصله پس از حوادث قسمت اول آغاز می شود . ولورین مرد سر سخت ، در پی یافتن گذشته خود است . ماگنتو شیطان صفت در زندان نیمه آهنی خود بسر می برد . پروفسور چارلز بزرگترین تله پاتیست جهان نیز مشغول اداره مدرسه ایکس است . او در این مدرسه به میوتانتهای جوان نحوه استفاده صلح آمیز از تواناییهای خارق العاده شان را آموزش می دهد ( میتانتها موجودات جهش یافته با تواناییهای خارق العاده هستند ) . اما ماگنتو بر خلاف وی معتقد است که میوتانتها بخاطر توانایی و دانایی بیشتر بایستی بر انسانها و جهان حکومت کنند . در همین هنگام موضوع میوتانتها تبدیل به یک بحث سیاسی حساس در میان انسانها شده است . در این زمان حادثه سو قصد به جان رئیس جمهور پیش می آید که توسط یک میوتانت مرموز به اسم خزنده شب انجام می شود . رئیس جمهور جان سالم بدر می برد اما موج مبارزه با میوتانتها در سطح کشور براه می افتد . پروفسور چارلز برای پی بردن به راز ترور و جلوگیری از آغاز جنگ ، استورم و دکتر جین گری را روانه می کند . در این هنگام نیروهای نظامی به رهبری ژنرال استرایکر به مدرسه ایکس حمله کرده و میوتانتها را بازداشت و محاصره می کنند . این در حالیست که در واقع استرایکر همان کسی است که در پشت ماجرای ترور بوده و این نقشه را برای نابودی میوتانتها طرح کرده است